旧大堂は、昭和２０年４月１５日の空襲で焼けてしまい、戦後は仮堂でしのいでいたが、第７９世伊藤日定聖人が精力的に各地を行脚し、全国の檀信徒ならびに関係寺院等からの浄財寄進を得て、昭和３９年、ようやく鉄筋コンクリート造の大堂の再建にこぎつけた。聖人は落慶後ほどなくして遷化されたため、大扁額「大堂」は第８０世金子日威聖人の揮毫になる。内陣中央の大型御宮殿（建築厨子）に日蓮聖人の御尊像、いわゆる祖師像を奉安し、向かって左に第２世日朗聖人像を、右に第３世日輪聖人像を安置する。
また、外陣の天井画を大田区在住の川端龍子画伯に委嘱。画伯は、その龍図の完成をみることなく逝去されたが、奥村土牛画伯の指導の下に金子日威聖人が眼を点じて開眼供養をとげた。未完ゆえ龍と判別しがたいが、画伯の遺作として、今も多くの人が訪れる。
なお、旧大堂だが、第１４世日詔聖人代の慶長１１年（１６０６）、熱心な法華信者として有名な加藤清正公が、慈母の七回忌追善供養のために建立、間口２５間の堂々たる大建築であった。清正公が兜をかぶったまま縁の下を通ることができたと伝える。その壮観さを江戸の人々は「池上の大堂」と称し、これに対して、上野（寛永寺）は中堂、芝（増上寺）は小堂と呼んだという。
旧扁額「祖師堂」は本阿弥光悦筆であった。同堂は、惜しくも宝永７年（１７１０）に焼失、２４世日等聖人代の享保８年（１７２３）、徳川８代将軍吉宗公の用材寄進で、当時の倹約令に従い間口１３間に縮小されて再建された。ちなみに同公は、大岡越前守を普請奉行に、釈迦堂・大客殿・大書院なども建立寄進している。旧祖師堂以下、すべて戦災で焼失した。

境内最奥の、築地塀で囲んだ浄域にあり、宗祖日蓮聖人の御灰骨を奉安する墓塔を廟堂内中央におまつりする。かつては昭和６年の高祖六百五十遠忌に建てられた八角裳階付二重屋根の御真骨堂があったが、これも昭和２０年４月１５日の空襲で焼失した。昭和５４年、宗祖第七百遠忌報恩事業の再建および整備により、宗祖御廟所が完全に復興できたのである。 　なお、向かって左の廟堂には第２世日朗聖人の墓塔が、右には第３世日輪聖人の墓塔が安置されている。

宗祖日蓮聖人の御荼毘所跡大宝塔の背後に新設された大切な浄域の一つで、第４世日山聖人以後の歴代貫首をおまつりする。 　当山で一番高い所なので、晴れた日には、西方にくっきりと富士山を望むことができる。
なお、左後方に、開基檀越である池上宗仲公夫妻の墓碑がある。

当山の奥庭である。自然の窪地に作庭され、客殿から俯瞰できるという景観が特徴といえよう。池泉は豊富な地下水からの湧き水による。作庭者は、京都・桂離宮や茶道で有名な小堀遠州と伝える。江戸時代、各藩が競って作庭するようになる大名庭園の祖形がここにある。
そうした大名庭園を除くと、都内の由緒ある庭園としては最大級の広さを誇る。大きな池に洲浜、織部井戸、船付場、鶴島、亀島、魚見岩、太鼓橋などを配し、滝口方面に渓流と渓谷、沢渡り、滝見橋、松濤の滝などが造られている。それらが醸し出す静寂かつ悠々とした雰囲気は何ものにもかえ難い。
桃山期から江戸初期、遠州が活躍した時代は、当山の大復興期にあたり、日惺・日詔・日樹・日遠・日東各聖人らが、加藤清正公親子、徳川家康公側室養珠院（お万の方）、徳川秀忠公乳母正心院（岡部の局）、紀州徳川家、加賀前田家、等の外護・帰依を得て大伽藍が再建され、境内も整備される。そうした重要な時期に作庭されたものである。

この地は、当山の重要な浄域の一つで、日蓮聖人御入滅の折の御荼毘所である。『新編武蔵風土記稿』などによると、かつては２間に３間の御灰堂があって、当初は開基檀越の池上宗仲公が多宝塔を作り、聖人の御余灰を中に盛って奉安したと伝える。
　現在の多宝塔は、第４７世日教聖人の主導により江戸芝口講中を本願主として、文政１１年（１８２８）に上棟し、宗祖五百五十遠忌の前年である天保元（１８３０）年に建立された。大工棟梁（工匠）は当山の御用大工であった小木新七藤原信盛である。内部構造を持つ宝塔形式の建造物としては全国でも殆ど類例がない上にその規模も極めて大きく、華やかな装飾性を有し意匠的にも優れていることから、國の重要文化財に指定されている。
なお、指定名称は「池上本門寺宝塔」であるが、当山では建立当所より「多宝塔」と呼称している。御会式のうち１２日および１３日午前中のみ開扉される。

総面積１,１５２坪。地上４階、地下１階。講堂・宴会場・レストラン・団体参拝の宿泊・休憩施設・写真室・駐車場などを完備。また、小堀遠州の造園による池泉回遊式の名園である松涛園を擁する。

日蓮聖人の滅後、池上宗仲公は日朗の弟子・日澄に日蓮聖人が泊まられていた館を寄進しお寺としたのが、「長崇山本行寺」通称「大坊」です。

昭和２０年４月１５日の空襲で灰燼に帰した釈迦堂を再建したのが本殿であり、場所は、旧祖師堂の左隣から境内の奥の方へ移した。開堂供養大導師は第８０世金子日威聖人。昭和４４年完成。現代的な鉄筋コンクリート造の仏堂建築として評価が高く、その後、各地で当堂を模す例が増えている。
　正面内陣には、久遠の本師釈迦牟尼仏坐像と、本化地涌の四大菩薩立像、ならびに大堂尊像を模刻した祖師像をまつる。仏教美術協会（日本を代表する仏像制作グループ）の諸師が彫刻したもので、いずれも現代の仏像を代表する作品である。ちなみに、釈迦仏の胎内には、インドのガンジー伝来で故ネール首相より寄贈された釈尊の真舎利２粒が奉安されている。
　なお、古くからの釈迦堂は幾度となく罹災、天正年間の再建堂も宝永７年（1710）に焼失、第２５世日　聖人代の享保１５年（1730）、徳川８代将軍吉宗公が御母深徳院殿の追福のために再建した。旧扁額「釈王殿」は伏見宮親王宸筆であった。また、旧一尊四士四天の尊像は、伝運慶作、日蓮聖人御開眼であったという。

昭和５３年９月完成。地上２階、地下４階建て。総面積は延べ１,７８０坪の鉄筋コンクリート造り。総受付・寺務所・書院・山主執務室・役課寮・学僧寮などがある。

最初の経蔵がいつ建てられたか未詳だが、『新編武蔵風土記稿』によると、宝永７年（１７１０）焼失、享保２年（１７１７）第２４世日等聖人が徳川御三家水戸綱條公を大檀那に再建したと伝えられている。
現存堂は、前掲本により、第３４世日謙聖人が日蓮聖人第五百遠忌の天明元年（１７８１）に再建を発願し、３年後の同４年（１７８４）、松平周防守室浄心院智光妙受日成禅尼と松平播磨守室遠紹院妙道日養大姉を本願主として再々建したという。当初の棟札は伝わらないが、堂内の柱には、江戸後期に広範囲な周辺地域の寄進者の名が刻まれ、また、銘札によって、第７４世酒井日慎聖人代の昭和７年に棟梁小木新七薫雄が営繕したことがわかる。
独立した堂宇のため、幸いにも昭和２０年４月１５日の空襲の際も、五重塔・多宝塔・総門などと炎上を免れた。
江戸中期の本格的かつ大型の経蔵で、全国的にも注目される。なお、堂内の輪蔵には、天海版一切経が架蔵されていた（別所に保管・大田区文化財）。

江戸幕府２代将軍徳川秀忠公の武運長久・病気平癒を当山に祈願した秀忠公の乳母岡部局（大姥局、法号は正心院日幸）が願主となり、秀忠公が建立・寄進した建物で、慶長12年（1607）に上棟、翌13年4月に落慶供養を修している。関東に現存する最古の五重塔である。
本塔の普請奉行は後に幕府老中を勤めた青山伯耆守忠俊、作事棟梁は秀忠公の作事を数多く手がけた幕府御大工鈴木近江守長次である。当初、大堂の右手前、現在の鐘楼堂と対の位置に建てられたが、元禄１５年（１７０１）から翌年にかけての大修理の際に現在地へ移築された。
平成９～１３年、日蓮聖人立教開宗七百五十年慶讃記念事業の一つとして、解体修理が施された。中近世過渡期の五重塔として貴重な特徴を有しており、国の重要文化財に指定されている。
なお、五重塔は毎年4月第１土日に行われる五重塔特別祈願において開扉される。

立教開宗７５０年慶讃事業の一環として、平成１３年に完成。本門寺が格護している数々の霊宝を永代に亘って保全する。通常、毎週日曜日に展示品の観覧が出来る。

共に昭和２０年４月１５日の空襲で灰燼に帰し、三門は同５２年に再建、仁王尊は同５４年に新造された。
三門は山門とも称されるが、正式には三解脱門の略。中心伽藍へ入る重要な門であり、三種の解脱（さとり）を求める者だけが通れる。多くは重層の仁王門とする。例年、盛大に厳修されるお会式の、お逮夜（１０月１２日夜）の万灯行列が支障なくくぐれるよう、通常より下層の桁と梁の高さを上げてある。扁額「長栄山」は第８０世金子日威聖人の揮毫になる。ちなみに「栄」の字は旧字だが、伝統的な慣習で、火伏せのため、冠りを「火」２つでなく「土」２つとしてある。
なお、旧三門は、慶長１３年（１６０８）に徳川２代将軍秀忠公が五重塔と共に建立。桃山期の豪壮な門として旧国宝に指定されていた。『新編武蔵風土記稿』は、それ以前の門を、天文年間（１５３２－５５）第９世日純聖人造立と伝える。旧扁額「長栄山」は本阿弥光悦筆になり、関東三額の一つであった。ちなみに秀忠公は、大客殿の正面にあった六足門も建立寄進している（共に戦災で焼失）。また、旧仁王尊だが、宗論による古川薬師（大田区安養寺）からの勝利尊像で、上田一族の寄進になり、和銅３年（７１０）行基菩薩作と伝える古像であったという。

当山の守護神「長栄大威徳天」を奉安している。現在の堂は昭和３４年に再建された。毎月２２日が縁日で、正月・５月・９月には大祭を行っている。

常唱堂、題目堂とも呼ばれ、行学院日朝聖人像を奉安している。お題目修行の場として、近在結社の人々の努力により昭和４８年に再建された。

海中出現の毘沙門天をお祀りする境内外のお堂で、池上七福神の一つに数えられている

第１７世日東聖人の代、加藤清正公の娘で御三家紀州藩祖徳川頼宣公の正室となった瑤林院が、正保４年（１６４７）に寄進した。その後、正徳４年（１７１４）、第２３世日潤聖人の代に改鋳されたが、当初の銘文が残っている点は貴重である。昭和２０年４月１５日の空襲で火をかぶり、一部に亀裂と歪みが生じたため、現在は傍らに仮安置している。
　江戸前期の代表的な形態を示し、その雄大かつ豪快重厚な作風は、都内第一級のものといえる。また、縦帯の銘文を、筆順に随った篭字彫りとする。

宗祖七百遠忌記念のとして昭和５８年富山県新湊市の黒谷美術株式会社より奉納された。制作は、斯界の権威 北村西望先生。

熱心な法華信者で築城家としても有名な、加藤清正公の築造寄進になる。同公は、慈母の第七回忌にあたる慶長１１年（１６０６）、その追善供養のため、祖師堂を建立寄進し、併せて寺域も整備しているので、その折の築造と考えられる。第１４世日詔聖人のときである。第２２世日玄聖人代の元禄年間（１６８８－１７０４）に大改修されているが、清正公当時の原型を残す貴重な石造遺構である。
なお、名称の由来は、『妙法蓮華経』見宝塔品第十一、此経難持の偈文９６字にちなむ。すなわち、末法の世に法華経を受持することの至難を忍び、信行することの尊さを石段を上ることの苦しさと対比させ、経文を読誦しつつ上れば自然にのぼれる、と言い伝えられている。

本門寺境域の入り口に建てられている高麗門形式の門である。元禄年間の建築と伝えられるが、建物の特徴的に矛盾はない。大本山の寺格にふさわしくその規模は極めて大きい。
門には、寛永４年（１６２７）本阿弥光悦の筆になる扁額「本門寺」（複製品、原品は霊寳殿に収蔵されている）を掲げる。
永らく素木の門として親しまれてきたが、平成30年に日朗聖人七〇〇遠忌慶讃事業により行われた保存修理において、塗装痕跡調査に基づいて建立当初の黒門としての姿を復原した。

『新編武蔵風土記稿』に「車坂、経蔵の背後の坂なり」とあり、また『池上長栄山本門寺図』（天明元年・1781）にも描かれている、古い坂道。現在は、参詣する爲の車用道路となっている。

日蓮宗の中央行政機関で、全国の日蓮宗寺院の統括をはじめ、海外布教や現代宗教研究・僧風教育など様々な活動を行っている。

青少年からお年寄りまで、スポーツや学習会・講演会などを通して、共に学び集うことのできる施設。最上階には池上スポーツクラブがある。