関東に４基現存する幕末以前の五重塔のうち、一番古い塔である。本塔のそもそもの発願は、のちに徳川２代将軍となる秀忠公の病気平癒祈願にあった。文禄２年（１５９３）のこと、１５歳の秀忠公が悪性の疱瘡にかかり、一命も危うい容態におちいってしまった。そこで、熱心な法華信者であった乳母岡部の局（のち正心院）が、大奥より池上へ日参し、あつく帰依していた第１２世日惺聖人に病気平癒の祈願を託され、「心願が成就したあかつきには御礼に仏塔を寄進する」との念でひたすら祈った。その甲斐あって快癒し、将軍となった後、その御礼と、あわせて武運長久を祈り、慶長１２年（１６０７）に建立〔露盤銘〕、翌１３年に上棟式を厳修した〔棟札銘・焼失〕。
開眼供養の大導師は第１４世日詔聖人、大願主が正心院日幸大姉（岡部の局）、普請奉行は幕臣の青山伯耆守忠俊、棟梁は幕府御大工の鈴木近江守長次、鋳物師は椎名土佐守吉次である。いわば幕府のお声掛かりで建造された当時第一級の塔である。にもかかわらず、江戸建築が確立する前の桃山期の建立であるため、特に構造上、過渡期の特色が濃厚である。桃山期の五重塔は全国で１基だけであり、文化遺産としての価値は極めて高い。
当初、大堂の右手前、現在の鐘楼堂と対の位置に建てられたが、直後の慶長１９年（１６１４）の大地震で傾き、元禄１５年（１７０１）、５代将軍綱吉公の命で現在地へ移築、修復された。その後、数度の修理を経て、平成９〜１３年、日蓮聖人立教開宗七百五十年慶讃記念事業の一つとして、全解体修理が施され、全容を一新した。
特徴としては、初層のみを和様（二重平行垂木・十二支彫刻付蟇股など）とし、二層以上を唐様（扇垂木・高欄付廻縁など）とする点、上層への逓減率が少ない点、相輪長が短い点、心柱が初層天井の梁上に立つ点、等があげられ、極めて貴重な塔建築である。なお、平成１３年に全面修復が終了した。
『池上本門寺史実伝承物語』『池上本門寺五重塔修理工事報告書』ほか参照
桃山時代・慶長１３年（１６０８）建立
木造心柱と彫刻部は檜材 四天柱・側柱などの主要部は欅材
初層二層は本瓦葺 三四五層は銅板瓦葺（当初は本瓦葺）
総高約３１メートル（基壇の計測位置による） 塔高２９・３７メートル
方三間五層塔 和様と唐様の折衷様式